北京时间9月2日，2020年足协杯首轮抽签仪式进行，本年度足协杯只安排中超和中甲球队参加，中超和中甲各决出8支球队进入16强，然后再进行抽签，进行接下来的对决，只有半决赛是两回合，其余比赛都是单场定胜负，包括决赛。
足协杯的官方消息显示，首轮比赛将于9月18日率先在大连举行4场比赛，次日进行苏州赛区比赛。首轮比赛仅16支中超球队参加，2019年中国足协杯冠军、2019年中超联赛1至7名为种子队。经过抽签后，具体的对阵如下：
按照比赛安排，9月18日大连赛区进行4场角逐，苏州赛区9月19日进行4场比赛。还需要指出的是，现有中超赛程显示，9月19日，大连赛区还有第12轮的联赛，20日是苏州赛区第12轮的比赛。这意味着，各支中超队都面临两天两场比赛的节奏，这对各队的阵容厚度是个考验。
打完第一轮比赛后，中超8队进入第二轮的比赛，将于11月26日参加第2轮比赛，与中甲联赛前8名球队对阵，胜者进入下一轮八强比赛。除第4轮半决赛为两回合比赛外，其他各轮比赛均是单场淘汰制，计划于12月19日最终决出冠军。此外，中超第二阶段确认从10月16日到11月12日进行，赛制还是交叉淘汰赛，决出冠军。
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